Die Altenburg ist der älteste besiedelte Teil von Merseburg. Die Klosteranlage war früher wesentlich größer und ist romanischen Ursprungs. Erstmals erwähnt wurde die Anlage um 800. 1091 wurde Sankt Petri als Kirche des Benediktinerordens geweiht.

1562 erfolgte die Säkularisierung und Teile des Klosters wurden abgerissen, der südwestliche Teil der Klausur mit romanischen Kellergewölben wurde erhalten.

Das Kloster wurde schon lange nicht mehr als solches genutzt. Im vergangenen Jahrhundert wurde es als Naturkundemuseum eingerichtet.

Die Pfarrkirche Sankt Viti wurde 1270 erstmals erwähnt. Auch sie ist romanischen Ursprungs. Im 13. und 17. Jahrhundert wurde sie erweitert und erhielt 1690 ihre barocke Ausstattung.